1.光學系統；激光共聚焦顯微鏡的主要組成部件就是顯微鏡。也就是系統的成像質量也是一個關健，一般我們可分倒置與正置使用兩種 的。一般的，前者都是在 我們平時的生物醫學上應用上較多，物鏡的孔徑數值也是選取一些平場消色差物鏡的。有利于熒光的采集工作與成像清晰的工作。
2.掃描裝置，一般都 有兩個裝置，臺掃描系統與鏡掃描系統。這個臺掃描系統是通過步進馬達驅動載物臺的。精度也是相當精密能夠有效地消除成像點橫向像 差的、對于樣品信號旨度也是不受探測位置的影響的。可以很精準的定位的。定量的、此類工作程充是都通過計算機自動控制。
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